METABOLISME SEKUNDER
Dalam tubuh tanaman ada dua macam metabolisme: primer dan sekunder. Proses metabolisme primer menghasilkan senyawa-senyawa yang digunakan dalam proses biosintesis sehari-hari, yaitu karbohidrat, protein, lemak dan asam nukleat. Sebaliknya proses metabolisme sekunder menghasilkan senyawa dengan aktivitas biologis tertentu seperti alkaloid, terpenoid, flavonoid, tannin dan steroid. Kadangkala senyawa yang dikandung oleh satu tanaman dari genus tertentu bersifat spesifik. Misalnya tanaman dari genus papaver, Papaver somniferum dan Papaver septigerum, menghasilkan morfin, senyawa yang berkhasiat menenangkan.
Senyawa hasil metabolisme sekunder lazim dikenal sebagai metabolit sekunder, senyawa-senyawa itu diproduksi sebagai benteng pertahanan tumbuhan dari pengaruh buruk lingkungan atau serangan hama penyakit. Metabolit sekunder tidak memiliki fungsi khusus dalam pertumbuhan dan perkembangan tanaman. Mereka lebih dibutuhkan untuk eksistensi kelangsungan hidup tanaman itu di alam. Karena fungsinya yang berhubungan dengan interaksi di alam, maka tugas-tugas metabolit sekunder mirip seperti pasukan tentara di suatu negara.
Fungsi pertama metabolit sekunder adalah melindungi tanaman dari serangan mikroba, contohnya tanaman akan membentuk fitoaleksin, senyawa khusus yang disintesis di sekitar sel yang terinfeksi. Kedua, mempertahankan diri dari gangguan predator. Ketiga, untuk melawan gangguan herbivora yaitu dengan membentuk senyawa toksik yang menyebabkan ia menjadi beracun. Keempat, perlindungan terhadap lingkungan, misalnya antosianin diproduksi untuk melindungi tanaman dari terpaan sinar UV. Kelima, memenangkan persaingan caranya dengan menghasilkan senyawa yang bersifat alelopati, beracun terhadap tanaman lain di sekitarnya. Keenam, sebagai agen atraktan, menarik kehadiran serangga dan herbivora lain untuk membantu penyebaran biji. Senyawanya berupa pigmen yang membuat organ reproduksi berwarna cerah.
Di dalam satu tanaman, tidak mungkin hanya mengandung satu macam metabolit sekunder, hal itu yang menyebabkan mengapa satu tanaman tertentu dapat memiliki beberapa macam khasiat/ efek terapi yang berbeda-beda sesuai dengan metabolit sekunder yang terkandung di dalamnya.